当前，以阿里巴巴为领军企业、各种“互联网+”交易平台发展迅速，给经济发展注入活力的同时，也给税收征管带来了新的问题。
一是“互联网+”交易平台收入的真实性和完整性难以明确。
“互联网+”交易平台企业的收入主要来源于其自建的互联网平台，分为企业自营收入和入驻商经营收入，即常说的“京东”模式(平台收入大部分来自自营)和“天猫”模式(平台收入大部分为入驻商收入，平台靠收取广告费、技术服务费盈利)，90%的小型平台是两种模式共存的。交易平台的收入来自全国各地，且企业目标客户基本为个人使用者，特有的经营模式和收入群体决定了“互联网+”交易平台收入中会出现大量的“代收代付”和不开票收入。由于“互联网+”交易平台单笔业务小、业务来往多、自营和入驻交融度强，“代收代付”容易和其自身大量的“未票销售”收入混淆，税务机关难以区分，甚至很多企业自身都难以区分，从而导致目前部分交易平台企业实际营业收入较少，但其支付宝、财付通账户(“互联网+”交易平台企业一般使用网络支付)的流水资金却非常大，直接影响对其收入真实性和完整性的判断。
二是“互联网+”企业部分成本确认在税收上存疑。
滴滴、快的是中国互联网企业的一种新模式：即利用平台，加入补贴，鼓励个人对其碎片时间进行撮合交易。会计核算上，补贴可以按照相应的补贴发放文件和补贴支付记录列支费用或成本，但根据企业所得税法，此类凭证是否属于合法有效凭证值得商榷，《中华人民共和国发票管理办法》第二十一条规定：“所有单位和从事生产、经营活动的个人在购买商品、接受服务以及从事其他经营活动支付款项，应当向收款方取得发票。”第二十二条又规定：“不符合规定的发票，不得作为财务报销凭证，任何单位和个人有权拒收。”也就是说，在会计核算中可入账的补贴，部分可能无法在税前扣除。且补贴服务发票涉及范围广、人员多，企业获取也存在困难。如通过税务机关代开，则由于纳税主体的不明确性，税企双方都存在很大风险。
三是税收优惠对于“互联网+”交易平台企业鼓励作用并不明显。
目前，小微企业、研发费加计扣除、高新技术企业等税收优惠对“互联网+”交易平台企业的政策效应并不明显，虽然该类企业都有软件产品，但大部分的收入来自于软件服务，而非销售软件产品，无法享受软件产品超税负退税政策。该类企业基本通过股权稀释融资，很多企业相当于是在用股权缴税，不少企业反映，企业面临进项太少、税负太重的局面。
针对上述问题，小编提出以下几点建议。
一是大力推广电子发票，将开票系统嵌入企业平台。
向“互联网+”交易平台企业推广使用电子发票，要求其对自营部分的每笔业务开具电子发票，并推送给客户。同时，在现行的电子发票基础上，允许企业将开票系统嵌入企业应用平台，在销售或者服务完成时，自动发送电子发票至邮箱或微信等终端。
二是出台相关文件，指导规范“代收代付”现象。
出台相应的税收法规及文件，对“互联网+”交易平台的“代收代付”操作作出规定。建议要求企业资金通过专账独立核算，允许通过系统平台查询任意一笔资金流水的来龙去脉，凡是划分不清的，应当视同企业当年收入，并计企业所得税。
三是探索并承认网络支付列支费用的合法性。
建议修订《中华人民共和国发票管理办法》，进一步扩大合法有效凭证的范围，探索公司通过支付宝、财付通等网络支付手段，支付给个人费用时，如手续健全、金额较小，相应支付凭证可作为税前列支凭证。
四是试点部分企业人员工资抵扣企业增值税进项税额。
在人工成本越来越高，科技型企业成本又多以工资为主的情况下，税务机关可以在部分企业试点部分人员工资抵扣增值税进项税额。如“互联网+”交易平台企业登记在册的研发人员工资，可按一定比例进行抵扣，鼓励企业进一步研发创新。
